Du 2e s. av. J.-C. jusqu’au 6e s. ap. J.-C., une augmentation du nombre de tempêtes et une diminution des apports sédimentaires entrainent l’ouverture de multiples brèches dans le cordon littoral permettant aux eaux marines de réinvestir la lagune qui présente alors ses plus fortes concentrations en sable et en sel. La lagune s’étend un peu plus à l’ouest vers la vallée de l’Hérault via le couloir des Sept-Fonts. Les recherches actuelles contredisent l’existence d’un bras oriental de l’Hérault ? [Plusieurs éléments remettent en cause l’existence d’un bras oriental de l’Hérault dans la zone des Sept-Fonts : l’absence de dépôts sableux deltaïques dans les carottages sédimentaires, de textes historiques et la présence d’une inflexion du substrat basaltique dans ce secteur qui empêche l’installation d’un cours d’eau pérenne. Cette zone correspond en réalité à un couloir d’épanchement temporaire des eaux de l’Hérault en cas de fortes crues.] ? qui aurait connecté la vallée de l’Hérault au Bagnas.
Le fleuve continue quant à lui de colmater sa plaine alluviale par le biais des sédiments qu'il transporte depuis le mont Aigoual. Néanmoins, à ce jour nous ignorons si la lagune de l’Hérault était encore totalement colmatée à cette époque.
C’est également au cours de cette période que l’occupation du sol sur le territoire agathois est la plus dense. Les prospections terrestres et les fouilles archéologiques ont révélé la présence d’une cinquantaine de sites archéologiques dans ce secteur allant du second Âge du Fer jusqu’au haut Moyen-Âge.
